LabDAO kartlägger framtiden för öppen källkod AI för drogupptäckt

Folding@home-projektet skapade rubriker under hela covid-19-pandemin för att samla oanvänd datorkraft för att utforska sökutrymmet för proteinvikning för att tackla det nya coronaviruset. Initiativet gav medborgarna möjlighet att vara vetenskapsmän i sin egen rätt och körde storskaliga simuleringar av olika molekylära konfigurationer av proteiner över ett distribuerat nätverk av "inskrivna" datorer över hela världen.

Detta decentraliserade paradigm förebådades för att föra människor samman kring ett gemensamt problem och effektivt samla in datorkraft, men tänk om datorkraften och problemlösningsinfrastrukturen var omvänd? Med andra ord, tänk om individer kunde driva sina egna projekt genom att utnyttja ackumulerad datorkraft och verktygen för biologiska experiment att starta upp?

LabDAO gör den drömmen till verklighet med sin PLEX-plattform. PLEX är ett kommandoradsverktyg med öppen källkod designat för att göra inte bara datorresurser utan också en mängd biologiska maskininlärningsverktyg (myntade "BioML"-sviten inom LabDAO) tillgängliga för en mängd olika bakgrunder. Oavsett om man experimenterar med småmolekylära dockning eller egna proteinveckningssimuleringar, tillåter PLEX användare att ta del av LabDAOs bibliotek med verktyg, dela resultat och visualisera dem på mindre än fem minuter.

Denna svit av verktyg och dess användningsmöjliggörande plattform ovanpå den visades på Zuzalus Blockchain Meets Biology-toppmöte i början av april, där LabDAO Core Team-medlem Lily Hansen-Gillis demonstrerade från början till slut en simulering av intern molekylär dynamik i en protein för att hitta sin mest stabila konfiguration. Sedan, som en självbekänd "icke-kodare", ledde hon publiken genom det från början till slut - allt med en dator, WiFi, PLEX på kommandoraden och inget mer.

Mer allmänt är LabDAO en web3-aktiverad decentraliserad plattform (en del av den större "DeSci"-rörelsen) som har åtagit sig att skapa en mer produktiv miljö för läkemedelsupptäckt med öppen källkod. Genom att göra verktyg och resurser i framkant tillgängliga för ett bredare ekosystem, strävar LabDAO efter att skapa rätt miljö för transparenta och tillgängliga vetenskapliga framsteg. Oavsett om genom att eliminera behovet för forskare att ha egen hårdvara eller datorinfrastruktur eller publicera resultat av experiment på en blockchain-reskontra så att de är trakterbara och reproducerbara, är organisationen engagerad i att göra mer innovation möjlig genom samarbete – bryta ner barriärer orsakade av dåliga användbarhet och siload, nischad expertis.

LabDAO:s ansträngningar för att bygga denna DeSci-värld för i dag fick nyligen ett uppsving i form av en finansieringsrunda på 3.6 miljoner dollar från olika andra DAOs, Inflection.xyz, Balaji Srinivasan och andra. Detta tillflöde av stöd kommer att bidra till pågående ansträngningar att bygga ut mjukvaruverktyg med öppen källkod och stärka LabDAO:s forskningsekosystem.

När det gäller PLEX självt, inkluderar de omedelbara nästa stegen vid horisonten att testa plattformen i olika vetenskapliga samarbeten, behålla olika verktyg och ackumulera nödvändig hårdvara för att främja BioML-nätverket.

När det gäller det långsiktiga, kanske nästa livräddande läkemedel under nästa stora infektionssjukdomsutbrott kommer att utformas med kraften av PLEX, ett decentraliserat steg framåt i taget. När ekosystemet fortsätter att växa kommer bara tiden att utvisa.

Tack till Aishani Aatresh för ytterligare forskning och rapportering om den här artikeln. Jag är grundaren av SynBioBeta, och några av företagen jag skriver om är sponsorer av SynBioBeta-konferens. För mer innehåll kan du prenumerera på mitt veckobrev.